Gotycki kościół p.w. Św. Ducha zbudowany przez Pawła Sapiehę na wzgórzu zamkowym w latach 1530-1540 służył jako kaplica zamkowa dla potrzeb rodziny i dworu. Układem przestrzennym nawiązuje do świątyń bizantyjskich dobrze znanych z terenów słowiańskich. Z wyglądu niepozorny, posiada jednak wydatkowy charakter.

W jego architekturze znajdują się elementy renesansu (układ wnętrza, portal), oraz elementy orientalne (wszystkie okna od strony południowej, dekoracyjne kafle na frontonie). Trójnawowy układ tworzy główny schemat konstrukcyjny tej budowli. Ta gotycka cerkiew unicka od XVIII wieku coraz bardziej ulegała kolejnym zniszczeniom (m.in. zniszczenie dachu nad prezbiterium oraz jednej z naw bocznych w 1817 roku oraz kompletne zawalenie się dachu pod koniec II wojny światowej. Obiekt ten wyremontowano dopiero w latach 1960-1965.
W kościele Św. Ducha znajduje najstarszy, po cudownym obrazie, zabytek Kodnia. Jest nim nagrobna tablica Jana Sapiehy. Jej fundatorem był W 1520 r. Paweł Sapieha – syn Jana. Do Kodnia przywędrowała za sprawą Mikołaja Sapiehy. Tablica ta posiada napis w języku staroruskim oraz płaskorzeźbione herby. Tak pisał o tej tablicy Jan Łocki:
„ w samym środku wąż połykający ogon, a w nim zawarta skrzydlata klepsydra, wyobrażająca wieczność ogarniającą czas, który tak szybko biegnie, z boku trupia głowa jest godłem śmierci, wreszcie ptak Minerwy sowa, spoczywająca na księdze i zwojach papieru, przedstawia prawdziwa mądrość, która zapatruje się na śmierć jako na niechybny kres wszelkich rzeczy…Pod pełnymi powagi symbolami są cztery herby, to jest: Kolumny i Pogoń Jagiełłów oraz Lilie i Lis Sapiehów…Ten wątek wiążący herby dwóch książęcych rodzin jest symbolicznym wyobrażeniem spokrewnienia Sapiehów z Jagiełłami…”

Kościół Św. Ducha w swym wnętrzu kryje m.in. dawną zasłonę cudownego obrazu wykonaną w drewnie z umieszczonym na niej wizerunkiem Matki Bożej Kodeńskiej, zabytkową kropielnicę, krzyż z wizerunkiem Jezusa Uśmiechniętego.
W sezonie letnim ( 1 V – 31 X ) w kościele św. Ducha o godz. 10.00 sprawowana jest msza św.