Karol Wojtyła jako papież nigdy nie zagościł w progi kodeńskiego sanktuarium. Jednak jako kardynał a zarazem metropolita krakowski przebywał w Kodniu dwukrotnie.

Pierwszy pobyt ówczesnego metropolity krakowskiego kardynała Karola Wojtyły miał miejsce dnia 22 VI 1969 r.
W Kodniu właśnie odbywały się centralne uroczystości, związane ze 150-leciem diecezji siedleckiej. Na zaproszenie biskupa Jana Mazura przybyli na nie dwaj polscy kardynałowie: Stefan Wyszyński, prymas Polski, i Karol Wojtyła, metropolita krakowski.

Drugiej wielkiej uroczystości – obchodom 50-tej rocznicy powrotu Matki Bożej z wygnania w Częstochowie – przewodniczył metropolita krakowski Karol kardynał Wojtyła. Powiedział wówczas: „Przed 50-cioma laty pierwszy biskup odnowionej diecezji podlaskiej, w odrodzonej Rzeczypospolitej, sprowadził uroczyście Matkę Bożą Kodeńską na to miejsce, z którego została wygnana… ten powrót oznaczał jedność -jedność Kościoła Te jedność Ona sprawia. Taka jest tajemnica tego kodeńskiego obrazu, który miał za sobą dziwną przeszłość.”

Słów tych słuchało około 70 tysięcy wiernych, duchowieństwo diecezjalne i zakonne oraz 22 biskupów z kraju i z zagranicy. Kult Matki Bożej Kodeńskiej ciągle wzrastał i w odpowiedzi na prośby wiernych zorganizowano drugą peregrynację przed 350-tą rocznicą przybycia obrazu do Kodnia. Tym razem kopia cudownego obrazu odwiedziła wszystkie parafie i kościoły diecezji. Uroczystość jubileuszowa 6 IX 1981 r. pod patronatem pójźniejszego prymasa Polski, a wówczas arcybiskupa Józefa Glempa stała się olbrzymią manifestacją wiary i miłości do Matki Najświętszej – Królowej Podlasia.

Jako papież Jan Paweł II nawiązał do tego ostatniego wydarzenia w 1999 roku, w Siedlcach podczas wizyty w Polsce. Wówczas to powiedział: „Pozdrawiam wszystkich zgromadzonych na tej Mszy świętej, cały Lud Boży Podlasia…Odżywają w tej chwili w moim sercu wspomnienia wcześniejszych spotkań z Kościołem siedleckim, zwłaszcza podczas obchodów Tysiąclecia Chrztu Polski w 1966 roku oraz jubileuszu 150-lecia diecezji, kiedy dane mi było sprawować Eucharystię w sapieżyńskim Kodniu, u stóp Matki Bożej Królowej Podlasia”.