Kościół p.w. św. Anny wzniesiono w Kodniu pod koniec XVI w. Erekcja parafii rzymskokatolickiej nastąpiła około roku 1520. Ten drewniany kościół św. Anny spłonął w 1680 r. W latach 1624 – 1646 staraniem Mikołaja Sapiehy oraz Kazimierza Sapiehy – jego następcy, wybudowano murowaną świątynię pod tym samym wezwaniem. Za sprawą również Kazimierza Sapiehy frontowa wieża została rozszerzona o boczne skrzydła.

Kościół poświęcono 1686 roku. Niepowtarzalnego charakteru nadaje świątyni barokowa, parawanowa fasada, która została ostatecznie zakończona przez Jana Fryderyka Sapiehę na początku XVIII wieku.
W 1865 r. rząd carski skonfiskował dobra parafii kodeńskiej, usuwając pracujących tu kapłanów, za wyjątkiem jednego. Dziesięć lat później aresztowano i osadzono w twierdzy brzeskiej, apotem wywieziono w głąb Rosji kodeńskiego proboszcza ks. Tytusa Zegarta. Potem wydarzenia nabrały pędu. Kościół św. Anny, św. Ducha i św. Wawrzyńca zostały z dniem 6 kwietnia 1875 r. przekazane na rzecz cerkwi prawosławnej. Tegoż roku prawosławni pozbawili świątynię św. Anny wyposażenia oraz zmieniony został kształt wież na świątyni na prawosławne kopuły. Zlikwidowano parafię w Kodniu, przyłączając ją do parafii w Huszczy. Wtedy też wywieziono obraz M.B. Kodeńskiej na Jasną Górę do Częstochowy. Dopiero w latach 20-tych kościół wrócił do dawnego wyglądu.

W 1920 roku przywrócono w Kodniu parafię. Dekretem z 25 maja 1927 roku parafię przejęli Misjonarze Oblaci Maryi niepokalanej. Niespełna dwa miesiące później do Kodnia powrócił cudowny obraz M.B. Kodeńskiej, przywieziony przez bpa Przeździeckiego. Jeszcze przed II wojną światową sprowadzono dawny ołtarz, wywieziony do Opinogóry. Lata II wojny światowej oszczędziły sanktuarium, mimo uszkodzeń murów i dachu świątyni. Po wojnie Misjonarze Oblaci odremontowali kościół.
Biskup podlaski mając na uwadze znaczenie świątyni jako miejsca kultu maryjnego zwrócił się do Stolicy apostolskiej z prośba o podniesienie rangi kościoła do godności Bazyliki Mniejszej.  Poza Rzymem, gdzie znajdują się bazyliki większe, wszystkie inne na świecie noszą nazwę bazylik mniejszych. Tytuł bazylika oznacza  kościół papieski. Taki też tytuł nadał Papież Paweł VI kościołowi św. Anny w Kodniu 19 maja 1973 roku.    

Okres powojenny to wiele ważnych wydarzeń w życiu parafii. Oto niektóre z nich. Rok 1969 to 150-lecie istnienia diecezji siedleckiej. Mszę św. celebrował wówczas Metropolita Krakowski abp Karol Wojtyła a kazanie wygłosił Prymas Polski ks. Kardynał Stefan Wyszyński. Rok 1977 to 50-lecie powrotu cudownego obrazu M.B. Kodeńskiej do Kodnia. Uroczystościom przewodniczył Kardynał Karol Wojtyła. Potem był 1981 rok i 350-lecie pobytu obrazu M.B. Kodeńskiej na Podlasiu oraz 1998 – 275-lecie koronacji obrazu.

W 2002 roku obchodzono 75-lecie objęcia parafii przez Misjonarzy Oblatów.